首先，两者分属不同的法律体系。商业机动车第三者责任保险合同是被保险人为转移风险而主动与保险人签定的商事合同，是平等主体之间签定的民事合同，属于商业保险的范畴，其权利义务受《保险法》、《合同法》和《民法通则》等法律的调整；而强制机动车第三者责任保险是国家为了社会的稳定，保护交通事故的受害人及时得到赔偿而要求车辆所有人、管理人向经营强制机动车第三者保险的机构投保第三者责任险，属于社会保险的范畴，其权利义务受行政法规《机动车第三者强制保险条例》调整。
     其次、订立合同的原则不同：在商业机动车第三者责任保险中，根据《保险法》第4条的规定“从事保险活动必须遵循自愿原则。”保险合同当事人在订立保险合同采取协商一致的原则。而投保强制第三者责任保险是车辆所有人的法定义务，具有强制性。否则根据《道交法》第98条的规定，公安交通管理部门对没有投保机动车第三者责任强制保险的车辆所有人、管理人将给予处罚。
     第三，经营的目的和原则不同。保险公司经营商业机动车第三者责任保险的目的在分散风险的同时，其主要目的是要取得利润；而机动车强制第三者保险的目的在于为了保障机动车道路交通事故受害人依法得到赔偿，促进道路交通安全，在经营中采取“不盈不亏”原则。“保监会按照强制保险业务总体上不盈利不亏损的原则审批保险费率”
     第四，合同当事人的法律地位不一样。商业机动车第三者责任保险合同当事人的法律地位是平等的。而在机动车第三者强制保险中，无论车辆所有人还是保险公司，都是在履行法定义务。“投保人在投保时可以选择具备经营强制保险业务资格的保险公司，被选择的保险公司不得拒绝或者拖延承保”
     第五，在履行合同时的归责原则不一样。保险人在履行商业机动车第三者责任保险时适用过错原则，既根据被保险人对第三者的事故责任承担赔偿责任，事故责任和赔偿责任一致；在履行机动车第三者强制保险合同时，机动车一方同非机动车、行人一方适用无过错责任，既在保险责任限额范围内会出现赔偿责任高于事故责任的情况：
     第六，经营的机构不同：经营商业保险，根据《保险法》第6条的规定，“经营商业保险、业务，必须是依据本法设立的保险公司：”而经营强制保险，既可以由国家设立专门的机构经营，或者委托保险公司经营：
     第七，费率测算的基础不同、目前保险公司经营的机动车第二者责任险费率的基础是依据《办法》规定的项目和标准但《道交法》实施后，根据公安部《程序规定》第7章第58条第1款第5项的规定，道路交通事故的赔偿项目和标准按照《人身损害赔偿解释》的规定，标准较之前大幅度提高，保险公司测算费率的基础已发生根本变化。而让保险公司用原来的费率承担新的赔偿标准，显然不合适。